El recorrido comienza en la Puerta del Perdón, donde el guía explica cómo se desarrolla la visita y la duración aproximada de 1 hora y 15 minutos. Desde ahí se accede al monumento entendiendo la Mezquita-Catedral por sus fases constructivas, hasta completar la lectura del conjunto de unos 22.400 m². La subida a la Torre Campanario es una visita aparte, aunque se recuerda que en su interior se conserva el antiguo alminar, con una altura de 74 m.
En el Patio de los Naranjos se sitúa el contexto histórico desde el 711, el emirato independiente con Abderramán I en 756 y el salto al califato con Abderramán III en 929, enlazándolo con la Córdoba califal y Medina Azahara.
Ya en el interior, se entra por la mezquita fundacional de Abderramán I (786-788), con parada en los restos arqueológicos del complejo tardoantiguo y los mosaicos visibles a 2,5 m, asociados a la antigua basílica. Se explica la orientación hacia el muro de quibla, la función del patio como fuente de luz en origen y las claves del interior, como la doble arcada y el patrón bicolor de dovelas y ladrillo.
El recorrido continúa con la ampliación de Abderramán II (833-848), con el crecimiento del edificio hacia el sur, el contexto de la llegada de Ziryab y la creación de la maqsura como espacio asociado al poder. Se entra después en la ampliación de Al-Hakam II (962-966), el tramo más destacado a nivel artístico, con las cúpulas, lucernarios y el eje del Mihrab, con mosaicos de teselas bizantinas vinculadas a Nicéforo Focas y hasta 19 colores.
En el muro de quibla y Mihrab se detalla su significado y la simbología de la luz, con elementos como la Puerta del Tesoro y el sabat, el pasadizo que conectaba el área palatina con el espacio sagrado. Se integra también la lectura cristiana desde 1236, tras la conquista de Fernando III, y la última gran fase islámica, la ampliación de Almanzor (991-994).
El tramo final recorre el Crucero catedralicio (1523-1603), impulsado en época de Carlos V y desarrollado por la familia Hernán Ruiz, pasando por el Tesoro de la Catedral, el Retablo Mayor (1618-1646) y la Sillería de Coro del siglo XVIII de Pedro Duque Cornejo, con salida por la Puerta de Santa Catalina.