Maqsura et mihrab. Le mihrab se situe dans l'espace de la maqsura, au centre du mur de qibla. Il est lié à l'agrandissement califal (après l'an 965) et se décrit comme un accès en arc de fer à cheval menant à une petite pièce de plan octogonal coiffée d'une coupole en forme de coquille.
Capilla Mayor, transept et chœur. C'est la partie chrétienne la plus reconnaissable du parcours : elle forme le grand ensemble central ajouté à l'époque de la cathédrale, sur une surface d'environ 75 x 37,5 mètres au sol.
Cour des Orangers. C'est l'ancienne cour des ablutions de l'ensemble. La cour musulmane a laissé place à la cour chrétienne, et son aspect actuel résulte d'une intervention qui a aligné des rangées d'orangers en continuité visuelle des colonnes de la salle de prière.
Porte du Pardon. C'est l'accès principal le plus reconnu vers la Cour des Orangers, achevé en 1377.
Tour du Clocher. La tour actuelle porte en elle le passé de l'ensemble : du minaret musulman (érigé en 951-952, avec une hauteur estimée à 47 m) à la tour-clocher chrétienne qui l'enveloppe aujourd'hui.